Анна Сасаки — замкнутая и малообщительная девочка, у которой почти нет друзей. Её жизнь складывается в доме приёмных родителей, она страдает астмой и любит рисовать. Со временем ей приходится отправиться в небольшую провинцию, чтобы погостить у дальних родственников Ёрико — Киёмасы и Сэцу Оива. В этом спокойном городке хранится загадочное поместье, известное как Дом на отмели, чьё притягательное очарование неизменно захватывает внимание Анны. Здесь она встречает Марни — девушку, которая живёт в этом прекрасном доме, и между ними быстро возникают тёплые дружеские связи. Они становятся близкими подругами, но однажды Марни исчезает, а в доме появляются новые хозяева — семья Сааки. Тогда Анна начинает узнавать о своей подруге нечто новое и таинственное, что ранее было скрыто. Городок наполняется странными слухами и тайнами, и дружба Анны с Марни проходит через неожиданные испытания.
