Этот фильм разделён на две части и представляет собой альтернативную трактовку событий первого сезона сериала, дополненную новой аркой, в которой герои получают задание изучать цветы. Сюжет полнометражки заметно расходится с оригинальной ТВ-версией: Сириус [Sirius de Alisia] погибает в самом начале истории, детство Аполло идёт по иному пути, а основное внимание смещается к событиям, произошедшим около 12 000 лет назад — в частности к смерти Апполлониуса и сложной судьбе прошлой инкарнации Рейки Ко. Дополнительные линии прошлого времени переплетаются с нынешней драмой, подчеркивая темы памяти, возрождения и взаимосвязей между поколениями персонажей. В новой редакции усиливаются мотивационные мотивы героев, расширяя вселенную Аквариона и открывая более тёмные нюансы их судьбы, что добавляет глубины и драматизма повествованию.
