В центре сюжета — гигантская корпорация «Дедал Групп», ставшая мишенью террористической атаки небольшой, но фанатично настроенной группы активистов, называющей себя Дух Икара. Во время спасательных мероприятий и лечения раненых Блэк Джек сталкивается с доктором Кирико, известным как Воплощение Смерти: этот специалист не стремится спасать пациентов, а предлагает им безболезненную смерть, будто избавляя от страданий. Когда активисты настаивают на сотрудничестве двух врачей, Блэк Джек оказывается втянутым в опасный круговорот жизни, смерти и предательства. Ему приходится держать баланс между обязанностью защищать жизни пациентов и давлением со стороны тех, кто готов рисковать всем ради своей идеологии. В ходе противостояния он пытается сохранить своих пациентов и предотвратить начало биологической войны, угрожающей всему человечеству. Каждый шаг ведёт к всё более сложной дилемме: стоит ли спасать надежду, если цена помощи может оказаться непомерной и непредсказуемой.
