Зойды — звероподобные боевые машины, которые применяются не только на полях сражений, но и в обычной жизни: их задействуют для перевозки грузов, перемещения и иных бытовых задач. Среди них выделяется особый подвид — миниатюрные Органоиды, по сути живые существа, умеющие срастаться с обычными зойдами и значительно усиливать их возможности в бою. Ван Флайхет обнаруживает один из таких Органоидов в заброшенной лаборатории, когда скрывается от погони: за ним гоняются два зойда, управляемые незнакомцами. В том же помещении он находит загадочный сосуд, в котором находится странная пленница. Спасаясь от преследования, Ван разбивает сосуд, освобождает девушку и уносит её прочь, прихватив Organоid. Наблюдая за повреждённым зоьдом, Органоид сливается с ним и устраняет неисправности, возвращая машину к боевой готовности. Решив сохранить этого Organоид как друга, Ван дает ему имя Зеке. Девушку зовут Фиона Линетт, и ей предстоит найти загадочного зойда по имени Ева. Так начинается их совместное путешествие: Ван, Фиона и Зеке отправляются навстречу приключениям.
