Главной героиней этой истории становится Мэдака Куроками — самая сильная ученица академии Хаконива и председатель студсовета. Её особый «ящик для предложений» дает возможность каждому студенту просить о помощи в любое время суток и в любой день года. В компании соратников по совету Зэнкичи Хитойоси, Коки Акюне и Моганы Кикайдзима она берётся за решение самых разных проблем школьной жизни: от необъяснимых сверхъестественных явлений до обычных любовных неурядиц среди учащихся. Сюжет продолжает развиваться: на арену выходят новые герои и новые соперники. Загадочная организация под названием «План X» активизируется и незамедлительно направляет на Медаку своего агента — руководителя Комитета по нравам Мёри Унзен — чтобы привести её к столкновению с амбициями организации. Но помимо внешних угроз Медака сталкивается и с внутренними волнениями: председатель Хакама Ширануй продолжает попытки держать Медаку и учащихся 13-го класса под контролем.
