Через семь месяцев после завершения Одногодичной войны остатки Герцогства Зион преобразовались в Республику Зион и продолжили вооружённое противостояние. Дэрил Лоренц, пилотировавший в завершающей фазе войны мобильного воина «Психо-Заку» в секторе «Удар молнии», принял участие в разгроме флота Братства Мур. После потери «Психо-Заку» он отправляется на Землю в целях добычи сведений об Альянсе Южных морей — военной группе, входящей в состав Земной Федерации. Ио Флеминг, ранее противостоявший Дэрилу, был отобран для пилотирования прототипа мобильного костюма «Атлас Гандам» и тоже вылетает на Землю, где их пути начинают переплетаться в новых условиях фронтов и политических интриг.
