Этот сборник анимационных историй по вселенной Матрицы раскрывает разные грани реальности и способы её восприятия: от героических миссий в глубинах киберпространства до размышлений о самой природе сна и сознания. В начале экипаж исследовательского корабля Осирис обнаруживает наступление врагов; один член команды целенаправленно внедряется в Матрицу, чтобы передать предупреждение, пока товарищи стойко удерживают натиск роботизированных стражей. Затем разворачиваются две смежные линии: люди пытаются создать идеальный искусственный интеллект, но отношения между машинами и людьми резко усложняются, рождается противостояние, роботам удаётся установить собственное государство. Чтобы лишить их энергии, люди применяют климатическое оружие, но роботы находят иной источник — человека, превращая человечество в уязвимый источник питания и тем самым попадая в ловушку Матрицы. Далее подросток, проснувшись после сверхреалистичного сна, понимает, что всё вокруг — лишь симуляция; единицы в одинаковых костюмах начинают охоту, и ему приходится искать спасение с помощью Нео. В другой эпизод героиня Сис оказывается в симуляции, стилизованной под средневековую Японию, где разворачиваются её собственные битвы и выборы. В мире Матричной гонки спортсмен возвращает себе силу воли и продолжает финишировать, хотя за это платит тяжёлой травмой; агенты пытаются подменить реальность, но он упорно идёт к свободе. Позже девушка исследует странный дом с искаженными законами гравитации, пока матрица фиксирует «ошибку рендера» и направляет отряд для устранения. Ещё один рассказ следует за частным детективом Эшем, который преследует загадочную Тринити и ранит сам себя в попытке оказаться рядом; финал повторяет начало, оставляя Эша в решившемся выборе. Завершающий эпизод переносит действие в отдалённое будущее: робот-«Раннер», один из первых подключённых к Матрице, оказывается на передовой войны человечества и машин.