Юный Дзиро переживает невероятную потерю: в собственном доме он находит тела матери и сестры, а к обвинению в их убийстве оказывается не причастен. Ложно обвинённый, он вынужден бежать из родной деревни и оказывается на путях остающегося без веры в людей священника по имени Тэнкай, который заставляет его выполнить жестокое задание — избавиться от ниндзя-отступника по прозвищу Тародза. Пройдя через кровь и уроки жестокого ремесла, Дзиро принимает путь убийцы, обучаясь и становясь мастером сокрушительных приемов. Проходит много лет, и истинная правда выходит наружу: Дзиро — сирота, и его биологическим отцом был именно Тародза, некогда служивший Тэнкаю и бросивший миссию, влюбившись в айновскую женщину. В то же время сёгунат стремится заполучить давно утраченное сокровище—сокровище капитана Кидда—и применить его, чтобы снова изолировать Японию от остального мира. Хранительницы и шепоты Тародзы направляют Дзиро, вместе с юной ниндзя Оюки и рабом Сэмом, в эпическое путешествие через Россию и Америку в поисках артефакта, который сможет стать ключом к возмездию Тэнкаю.
