Год 2045-й. Бывшие сотрудники Девятого отдела Бюро общественной безопасности Японии оказываются вне рамок своей системы и берутся за наёмничество вдоль западного побережья США. В компании с молодым новичком по прозвищу Стэн они держат оборону маленького закрытого города, защищая его от волны преступников и хаоса. Но на их пути возникает новая, колоссальная угроза — постлюди, существа, чьи силы и выносливость заметно превосходят любые киборги, с которыми им приходилось сталкиваться ранее. Команда Девятого отдела сплачивается, чтобы спасти людей и удержать город от надвигающейся катастрофы. Эта история представлена в формате фильма-компиляции сериала «Призрак в доспехах: Синдром одиночки 2045» с добавлением новых сцен, которые вносят свежие повороты сюжета и новые напряжённые эпизоды. Мир будущего переплетается здесь с личной драмой бойцов, вынужденных сочетать долг перед законом с долгом перед товарищами.
