Описание
Человечество почти стёрто с лица вселенной из‑за вторжения чужеродной расы Гауна, не похожей на людей. Уцелевшие граждане спасаются на гигантских космических кораблях под названием «Сидония», уходя от разрушений Земли и медленно продвигаясь по пустоте космоса в поисках нового дома. Они делают остановки лишь ради пополнения запасов, постоянно балансируя между надеждой и угрозой появления Гауна, чья сила все ещё держит их под страхом. Чтобы противостоять врагу, учёные разработали специальные средства борьбы, а вооружённые силы взяли их на вооружение и применяют на практике.
Нагатэ Таникадзэ провёл большую часть жизни на нижних уровнях одного из кораблей, почти не вступая в контакт с другими людьми и живя под опекой Хироки Сайто, который называет себя его дедом. Смерть близкого человека и голод вынуждают юношу выйти на свет и оставить подземелье. В памяти остаются навыки пилотирования, выученные на старом имитационном тренажёре, и именно благодаря им он сможет внести существенный вклад в оборону «Сидонии» от безжалостных Гауна.
Фильм представляет собой сокращённую версию сюжета с художественных телеконкурсных серий.