После Второго удара на планете остался один разрушенный город — Токио-3, который постоянно становится мишенью гигантских существ, зовущихся Ангелами, чьи намерения направлены на искоренение человечества. Синдзи Икари, три года не общавшийся с отцом, получает неожиданный звонок: требование немедленно явиться в штаб-квартиру Nerv, организации, противостоящей Ангелам. Для отражения угроз Nerv применяет огромных размеров боевых машин — Евангелионов. Задача юного пилота — освоить управление Евой-01 и работать в слаженной связке с пилотом Евы-00, Рей Аянами. По приезде он сталкивается с суровой реальностью боевых миссий, учится держать удар и доверять напарнице, чтобы вместе противостоять неведомым силам, скрывающимся за пределами их понимания. Так начинается путь к единству на поле боя ради выживания человечества.
