История рассказывает о Саори Кидо — девушке, чьи загадочные способности тревожат окружающих. В разгар опасной атаки киллера её спасает молодой незнакомец, назвавшийся Сэйя из Пегаса. Под его словами она узнаёт шокирующую истину: она является реинкарнацией богини Афины, покровительницы мудрости и войны, а Сэйя — один из её 88 святых стражей. Приняв своё предназначение, Саори направляется к Святилищу, чтобы стать на защиту Афин от коварного Патриарха. Вместе с богиней и её Бронзовыми Святыми они должны пройти двенадцать Зодиакальных храмов Святилища Афины за двенадцать часов, чтобы спасти Афину от неминуемой смерти. По пути их ждут встречи с каждым из Золотых Святых, охраняющих соответствующие храмы. Но на этом непростом пути их ждёт шанс на спасение — лекарство, способное вернуть Афине её силу и жизнь.
