Сюжет аниме разворачивается на двух параллельных временных линиях. В одной хронике зритель знакомится с печальным инцидентом в городе Нибельхайм, где переплетаются судьбы Зака Фэра, Клауда Страйфа, Тифы Локхарт и таинственного Сефирота, и их действия приводят к цепочке последствий, сформировавших дальнейшее развитие событий. Вторая линия наступает позже и повествует о попытках героев пережить последствия первых событий, а также об их дерзком побеге из секретной лаборатории мегакорпорации Shinra Inc., где над ними проводились эксперименты и осуществлялись давления. Через контраст между личной смелостью и суровой властью корпорации история исследует такие темы, как память, дружба и цена свободы. Финал соединяет прошлое и настоящее, демонстрируя, как пережитые события Нибельхайма продолжают формировать выборы и судьбы героев в их борьбе за выживание и справедливость.