Во второй сезон истории об Аниме Index: Волшебство вновь сосредотачивает внимание на главной фигуре — Index, чья роль в трагедиях и подвигах Академия-Сити остаётся движущей силой событий. Её всё ещё преследуют могущественные магические сообщества, которым не чуждо использование находящихся в её уме знаний в их целях. В её голове хранится целый арсенал запретных знаний — порядка 103 тысяч гримуаров, наложенных запретом Церковью, и именно эти силы притягивают внимание влиятельных игроков магического мира. В эти непростые времена ей как никогда приходится полагаться на близкого друга — Тома Камидзё, который вместе со вспыльчивой Микото Мисака и остальными товарищами не намерен оставлять подругу в беде. Эти дни плетут сеть интриг, секретов и атак — каждое решение может изменить судьбу как Index, так и всего города, заставляя героев противостоять не только врагам, но и своим собственным сомнениям.
