История разворачивается вокруг старшеклассника Казуки Муто, который однажды ночью погибает, защищая девушку от ужасающего существа, и тут же просыпается в своей постели, убеждая себя, что это был сон. Но вскоре становится очевидно: видение не было сном — на Казуки и на его сестру нападает гигантское змееподобное чудовище. Та девушка, которую он когда-то спас, Токико Цумура, объясняет, что враг — гомункул, творение алхимии. Спасая её, Казуки был сам атакован и погиб. Однако она, испытывая чувство вины, возвращает его к жизни, поместив в его грудь волшебный медальон — какуганэ, призванный заменить сердце. Какаганэ — алхимическое устройство, которое, активируясь, принимает форму, зависящую от носителя, и порождает уникальную Бусо Рэнкин — боевую алхимию. Именно Бусо Рэнкин — единственное оружие, способное уничтожить гомункулов. Овладев какуганэ, Казуки формирует свой собственный Бусо Рэнкин — «Сердце солнечного света», внушительное копьё. Вместе с Токико, владеющей Бусо Рэнкин под названием «Юбка Валкирии» (смертоносная коса), Казуки вступает в войну против гомункулов и их хозяина.
