Помнишь момент, когда тебе казались открыты крылья и мир становился шире? В ответ на древнюю мечту, чьи искры прошептали о возрождении двенадцать тысяч лет назад, разбитые сердца находят путь к единению. В сиянии солнца, под лунным светом и рядом с Марсом рождается новая мелодия слияния. Небольшой остров Эношима, спрятанный в водах моря Сёнан, принимает у себя частную академию с таким названием. Со всей страны сюда стягиваются одарённые дети, чтобы обучаться на передовых технологиях и получать особое образование. Сакко Отори, Римия Цукисиро и Тоси попадают в элитный класс усиленного обучения «Элементы» и получают задачу управлять боевым модулем, питаемым эмоциями — «Вектор-машиной» — чтобы противостоять таинственному вторжению и загадочным существам, которых называют «Мифическими зверями». В разгар сражения, за вдохновляющим видением, Сакко выкрикивает: «Слияние миров! Вперёд, Аквариус!» После череды бесконечных перевоплощений на свет появляется механическое небесное крыло — Аквариус. Юноши и девушки, несущие груз своей судьбы, вскоре натолкнутся на истину мироздания, когда столкнутся пути загадочной организации «Космическое яйцо» и замыслов взрослых. Это грандиозный миф о любви, сотканный из чувств героев, где на кону стоит судьба всей Вселенной.
