В ближайшем будущем большая часть суши оказывается затоплена вследствие резкого подъема мирового океана. Нацуки Икаруга — молодой человек, которому приходится мириться с суровой реальностью этого времени. Несколько лет назад из-за трагического инцидента он потерял мать и лишился одной ноги. Единственным, что осталось ему в наследство, стала старая лодка, батискаф и долги, переданные от бабушки — профессора морской геологии Нонко Ятигусы. Чтобы расплатиться, Нацуки отправляется на поиск затонувшего здания, где когда-то работала бабушка, ведь по слухам там она прятала сокровища. Но вместо богатств он обнаруживает капсулу с роботом-гуманоидаом внутри, по имени Атри. После пробуждения Атри клянётся помогать Нацуки по меньшей мере до тех пор, пока не прояснится последнее поручение, которое когда-то было дано её прошлой хозяйке.
