История разворачивается на фоне революционных технологий профессора Юко Кодзуки и загадочных экстрасенсорных способностей Касуми Ясиро. Курсант Такэру Сироганэ оказывается возвращённым в свой родной мир, но не теряет надежды: он рассчитывает на помощь Юко, чтобы довести до конца проект «Alternative IV» — последнюю надежду человечества в противостоянии БЕТА, инопланетной расе, вторгшейся на планету. Работы над борьбой с БЕТА выходят на завершающий этап, и Такэру вместе с другими курсантами заканчивает пилотную программу Йокогамы. Однако во время испытаний новой операционной системы для гигантских боевых доспехов, которыми человечество борется с врагами, БЕТА устраивает засаду на Такэру и его команду. Чудом избежав гибели, Такэру получает тяжёлые травмы и становится свидетелем гибели одного из близких друзей. Потеряв волю к борьбе, он возвращается в другой мир, где ему предстоит пережить похожую утрату. По теории Юко, судьбы людей из параллельных вселенных предопределены одним и тем же исходом. Поэтому Такэру должен преодолеть свою травму, если он хочет защитить тех, кто ему дорог.
