После третьей мировой войны Токио превратился в огромную заражённую зону под названием Чёрное Пятно, окружённую неприступными стенами. Со временем на опалённой земле стали вновь появляться признаки жизни, и среди заключённых внутри зоны возникли люди с необычными силами: они могли управлять огнём, ветром и даже гравитацией. Обыватели, напуганные такими способностями, отвергли их и прозвали Изгоями. Действие разворачивается в 2130 году, примерно через пятьдесят лет после гибели города. В центре Чёрного Пятна воздвигается штаб-квартира могущественной фармацевтической корпорации Симеон. На вид корпорация занимается благотворительностью и благими делами, но на деле проводит бесчеловечные эксперименты над людьми, разрабатывает и продаёт богачам лекарства от старения, а её сотрудники охотятся на Изгоев, безжалостно подавляя любое сопротивление. Чтобы свергнуть власть Симеона, около четырёхсот человек Сопротивления пытаются убить главу компании Адама Арклая, однако Изгои из Элитной Четвёрки Симеона расправляются с ними. Единственный выживший, Круз Шильд, чудом спасается и встречает двух могущественных Изгоев — Адама Блейда и Еву Нойшванштайн, которые вместе с другом-профессором Гидо решают помочь Крузу свергнуть режим Симеона.
