После затяжной войны между человечеством и разумной машинообразной расой, известной как механоиды, наступил период перемирия: могущественный противник расширил своё влияние во Вселенной, и Земля оказалась почти под его контролем. Обе стороны вынужденно согласились на мир, пусть и неохотно. Зеро [ウォーリアス・ゼロ], адмирал флота человечества во времена Великой Галактической войны, сейчас занимает должность капитана буксирного судна и, несмотря на потерю всей семьи в боевых годах, продолжает верно защищать Землю. Во время очередного задания его корабль сталкивается с атакой таинственного пиратского флота, прозванного «Тенью смерти», и он вступает в схватку, которая, к сожалению, заканчивается поражением. Позднее командование возлагает на него новую миссию: добыть легендарного пирата — капитана Харлока, чья личность оказалась тем самым нападавшим. Теперь, действуя под флагом Независимого Флота, вместе со своим бывшим линкором «Кария» и командой, состоящей из механоидов и людей, Зеро отправляется на поиски по всей Вселенной, чтобы выйти на след великого Харлока.
