Это прямое продолжение фильма «Аркадия моей юности». Борьба против Империи Иллюмидус, покорившей и разрушающей все обитаемые миры, вышла на новый этап: Земля полностью оказалась во власти инопланетных захватчиков. Харлок и его соратники стали врагами всего человечества и были изгнаны со своей планеты. Но Иллюмидус не прекратил наступления. Харлок, Тотиро и Эмеральда, известные под кодовыми номерами S-00999, S-00998 и X-00001, объявлены в розыск. Сражаясь теперь не только с Иллюмидусом, но и с множеством людей, чьи корыстные цели — добыча награды за их головы, единственными защитниками Земли остаются они сами. Их путь продолжается сквозь чужие галактики и опасности, где каждая встреча может стать последней, но где-то вдали всё ещё горит надежда на спасение планеты и будущее человечества.
