События разворачиваются через два месяца после инцидента на подводной лодке Tuatha De Danann, завершившего первый сезон. Мифрил выходит на след таинственной организации, владеющей технологией, способной взламывать ECS — систему электронных замков. Эта сила скрывается под названием Амальгама и помимо прочего обладает некой «темной технологией», доставшейся от загадочного виспера и связанной с Канаме Тидори. Как и прочие секретные службы, Амальгама не собирается останавливаться на достигнутом и стремится к ещё большему захвату влияния. Когда миссия Сосукэ Сагары по защите Тидори оказывается отозвана, всё необходимое для замысла Амальгамы оказывается расставлено по своим местам. На столе оказывается набор ключевых элементов: ценная информация, уязвимости систем и подпитка союзниками — все они готовы к реализации плана. Начинается новая фаза противостояния, где каждый шаг может подтолкнуть мир к более глубокому кризису. В центре сюжета — дуэль между теми, кто пытается удержать технологический хаос под контролем, и теми, кто готов рискнуть ради предотвращения катастрофы, пусть ценой собственных компромиссов.
