Зловещий Мегатрон возглавляет армию Десилицинов и вторгается на Землю, чтобы обобрать планету и добыть её колоссальные энергетические запасы, которые затем подстегнут войну против автоботов. Если их план увенчается успехом, Десилицины сумеют переломить ход битвы в свою пользу, уничтожить автоботов и начать полное господство над Вселенной. Ради достижения цели они прибегают к похищению учёного Юки Онши — ведущего специалиста Земли в области энергетики и природных ресурсов. Ему за плечами стоит сын Кодзи, и именно он становится связующим звеном между папой и оптимистично настроенным альянсом автоботов. Оптимус Прайм вовлекает ребёнка в опасную миссию по спасению отца. Хотя Прайм и его товарищи бьются доблестно, им не удаётся вырвать доктора из хватки десилицинов. Теперь именно автоботы и Кодзи должны объединить усилия, чтобы вернуть Ониши и защитить Землю и её ресурсы от коварного Мегатрона и его армии.
