Действие этой части разворачивается уже после завершения турнира «Священный Путь», о котором упоминалось в предыдущем эпизоде. Тэнма Мацукадзе возвращается в среднюю школу Раймон, но та стала иной — его прежняя команда больше не выходит на футбольное поле, атмосфера изменена, и все выглядит непривычно. Встреча с Альфой, лидером команды «Протокол Омега», заставляет героя понять, что он попал в параллельную реальность, где Альфа участвует в секретном проекте, направленном на уничтожение футбола в будущем. Чтобы не оставаться один на пути в новом мире, Тэнму подталкивают к участию в необычных приключениях. Старый фургон команды из прошлой части получают новое предназначение и превращается в летающую машину времени, которая дарит героям возможность перемещаться между эпохами и измерениями. Так начинается их путешествие, наполненное неожиданными встречами, временными парадоксами и новыми спортивными испытаниями, где дружба, верность и силу характера предстоит испытать на прочность.
