В вымышленном мире, где идеальный город носит номер шесть, история разворачивается в 2013 году. С самого детства Сиону [紫苑] уже получает статус обладателя «высокого уровня интеллекта», что дарит ему право жить в роскошном районе Кронос. На двенадцатый день рождения он встречает Нэзуми [ネズミ], обаятельного молодого человека, сбежавшего из исправительного учреждения. Прикрывая беглеца, Сион — по решению Бюро общественной безопасности — лишается всех привилегий и вынужден отправиться из Кроноса в «Потерянный город». Так начинается его изгнание и новая жизнь за пределами зоны. Четыре года спустя таинственное происшествие втягивает его в цепь загадок, связанных с существованием шестой зоны. Постепенно он начинает распознавать, что столь идеальный мир скрывает темные истины, и его собственная судьба переплетается с секретами этого пространства, предвещая новые испытания и неожиданные открытия.
