После завершения своих формальных обязанностей в рамках сектора 501 особого подразделения Мотоко Кусанаги оказывается под новыми приказами Дайсука Арамаки. Внезапно неизвестный взломал искусственный интеллект Логикомы, что заставляет Бато начать сбор новой команды. Он убеждает в сотрудничестве бывшего военного разведчика Исикаву и специалиста по взрывчатым веществам и диверсиям Бомы, чьи навыки могут оказаться решающими. Кусанаги стремится привлечь к расследованию и вдобавок к этому планирует вовлечь в дело снайпера Сайто и таинственного агента Падзу. Девятый отдел снова запускает операцию, сталкиваясь с непредсказуемыми технологическими угрозами и политическими интригами. В центре повествования — борьба за контроль над разумными системами и границы личности, где виртуальное пространство переплетается с реальностью, а герои вынуждены пересмотреть свои принципы, долг и человеческое достоинство. Это новое испытание для команды, в котором каждый шаг может изменить судьбы города и его жителей.
