Фильм открывается сценой, где Фуюки Хината и его взвод Кэроро исследуют заброшенный храм на вершине горы в Мачу-Пикчу, Перу. Во время обследования Кэроро случайно активирует скрытую ловушку, и команда наталкивается на потайную комнату, в центре которой стоит огромный синий кристалл на пьедестале, внутри которого спрятан ключ. Нажатие на кнопку запускает загадочную машину, и храм начинает трястись от мощного импульса. Пока группа переводит дух и пытается понять, что же происходит, они вынуждены выбежать из укрытия. В суматохе Кэроро теряет свой любимый мяч — Керо. Фуюки, уходя, мельком замечает светящуюся молодую женщину и сообщает Кэроро, что в комнате была незнакомка, но времени на дальнейшее объяснение уже нет. Группа благополучно выходит на свежий воздух, тогда как таинственная девушка, теперь с парами светящихся крыльев, наблюдает за их уходом — а внутри кристалла в это время начинает расти нечто новое и неизвестное.
