Прошли годы после событий первого фильма, и «9-й отдел» продолжает держать оборону города от преступлений, связанных с продвинутыми технологиями и живыми машинами. Кибернетизированный детектив Бато и его напарник Тогуса снова вынуждены выйти на след, когда исчезает Майор Мотоко Кусанаги — их помощь оказывается жизненно необходимой в расследовании череды убийств, совершённых прототипами гиноидов. Эти гиноидоподобные существа, созданные ради идеальной точности и эффективности, обычно завершают свои задачи самоуничтожением. Но перед тем, как исчезнуть навсегда, один из таких прототипов обращается к Бато за помощью, доверяя ему важную информацию. Расследование погружает героев в ленту вопросов о природе сознания, границах человека и машины, и морали, которая управляет их действиями. По мере раскрытия следа становится ясно: невинность — не просто название, а испытание верности идеалам, когда технологическая человеческая сторона мира всё сильнее пересматривает смысл защиты общества и своей роли в нём.
