Действие фильма разворачивается сразу после завершения сооружения космического подъёмника Эндимион в Академия-Сити. Главный герой Тома Камидзё и его подруга Индекс неожиданно встречают Арису Мэйго, эспера нулевого уровня. По непонятной причине Ассоциация магов начинает охоту на Арису и наносит удар по городу, что приводит к возникновению острого риска для всего мегаполиса. Чтобы защитить население от надвигающейся угрозы, формируется подпольное движение сопротивления, возглавляемое загадочной группировкой Шатаура Секвенция. Позже Тома и Индекс узнают от Стэйла Магнуса, что их новая знакомая Ариса может стать инструментом для разжигания войны между двумя мирами — мира магии и мира науки. По мере развития событий герои вынуждены переосмыслить свои приоритеты: Ариса вынуждена выбирать между своей безопасностью и теми силами, которые готовы использовать её ради глобального конфликта. Фильм плавно соединяет элементы магии и технологии, демонстрируя, как небольшие и случайные события могут изменить баланс сил между вселенными.
