Сразу после перевода Макото Юки в частную академию Гэккокан на него обрушивается опасное существо — Тень, таинственный враг, навлекающий угрозу. Это столкновение пробуждает в парне необычную способность вызывать Персону. Замечая высокий потенциал Макото, члены скрытого школьного кружка SEES, который сражается с этими загадочными существами, предлагают ему вступить в их ряды. Обычно отстранённый и безразличный, он соглашается с предложением неохотно, но постепенно начинает ощущать крепкую связь с новыми товарищами по команде. Наступает лето. Битва ещё далека от финала, но расследование движется вперёд — друзья находят путь, позволяющий раз и навсегда покончить с «Темным часом». Однако Макото чувствует, что может потерять единственное место, которое объединяет его с друзьями.
