После ухода из рядов 501-го секретного отдела Мотоко Кусанаги вынуждена действовать по указаниям Дайсукэ Арамаки. Неожиданный взлом повредил работу искусственного интеллекта Логикомы, и Бато собирает новую команду для расследования причин происшествия. Он привлекает к делу бывшего офицера военно-разведки Исикаву и специалиста по взрывчатке Бомы, чье мастерство в подрывных операциях может оказаться решающим. Кусанаги стремится расширить круг участников, чтобы привлечь к расследованию упорного снайпера Сайто и таинственного агента Падзу. Тем временем Девятый отдел разворачивает очередную операцию, которая накаляет обстановку на фоне общего напряжения. По мере того как планы сплетаются, герои оказываются между долгом, скрытыми мотивами и рисками, и каждое их решение может изменить ход событий, раскрывая новые мотивы и цели тех, кто стоит за конфликтами. Расследование обещает вывести на свет скрытые амбиции и истинные намерения могущественных игроков в кибернетическом мире.
