На исходе века над Землёй нависает неизбежная угроза апокалипсиса. Каждые тысячу лет гигантская планета Ла-Метал, населённая передовой цивилизацией, приближается к нашей орбите и вызывает целый цикл разрушительных катаклизмов. В 1999 году её приближение будет настолько близким, что риск столкновения станет реальной опасностью для планеты. При этом жители Ла-Метал давно вынашивают планы захвата Земли. Профессор Амамори из местной обсерватории получает тревожный сигнал и делится им с своей помощницей Яёй Юкино, которая оказывается не просто учёной: она тянет на себе роль таинственной Королевы Тысячелетия по имени Ла Андромеда Прометия II, посланной на Землю с Ла-Метал, чтобы наблюдать за человечеством и править им на протяжении ровно тысячи лет до прихода своей наследницы. Однако Яёй выбирает иную сторону: она встaёт на защиту людей и всеми силами пытается предотвратить надвигающуюся катастрофу.
