История следует за юной ученицей-чародейкой Акко (アツコ・カガリ). Но называть её настоящей волшебницей будет неверно: она выросла в обычной семье, и магия не передавалась ей по наследству — у неё совсем нет природных способностей. Мечтая о чудесах магии, она приходит в академию «Новая Луна», ведь детское зрелище волшебства запало ей в душу. Однако реальность обучения оказывается иной: большинство занятий — сухая теория, чтение и лекции, записи, а практики почти нет, что сильно огорчает начинающую ведьмочку, привыкшую к ярким представлениям. Однажды её класс отправляют в лабиринт, чтобы добыть редкие предметы по заданию учителя. Прогуливаясь по тёмным коридорам подземелья, Акко слышит призыв помощи и без промедления идёт на зов. После долгих поисков и с поддержкой своей подруги-алхимика она открывает новую, ещё неизведанную часть лабиринта. Там её подстерегают опасности и загадки: монстры, древние артефакты и магические тайны. Всё это надо увидеть, исследовать и понять, ведь впереди — шанс проявить себя и сделать реальный шаг к мастерству в колдовстве. Замечание: «Академия ведьмочек» стала одной из четырёх аниме-работ, которые получили финансирование в размере 38 миллионов йен из проекта подготовки молодых аниматоров 2012 года.
