На улицах огромного города вырастает Тэцуро Хоси́но — юный бездомный мальчик, чьи дни проходят в борьбе за пропитание и маленькие хитрости. Всё это время он хранит горькую мысль о матери, погибшей от руки графа Меха по капризу могущественного знати. Мечта Тэцуро проста и пугающе дерзка: заполучить механическое тело и отомстить убийце матери. Единственный путь к этой цели — билет на «Галактический экспресс 999», космический поезд, который пронесет его к планете, где можно бесплатно заменить своё тело кибернетическим. При попытке украсть билет мальчик чуть не попадает в лапы полиции, но его спасает загадочная женщина по имени Мэйтел, предложившая ему билет — но только если он возьмёт её с собой в путешествие. Так начинается странствие Тэцуро и Мэйтел на борту Галактического экспресса, среди звёзд и чужих миров. Смогут ли они добиться мести? Какие тайны скрывает эта странница и почему она вернулась к нему? И захочет ли сам Тэцуро после всех приключений обладать механическим телом — или переосмыслит цену свободы и силы?
