Однажды глубокой ночью Нью-Йорк погружается в туман теней, когда Рю Хаябуса оказывается под прицелом наёмников. После схватки он обнаруживает, что за преследованием стоит загадочная корпорация Friedman Company, возглавляемая доктором Недом Фридманом, который недавно потряс мировое сообщество заявлением об открытии лекарства от рака. Чтобы понять причину такой охоты, Рю находит дом доктора и там сталкивается со своей давней подругой-журналисткой по имени Сара, которая тоже в поисках истины вокруг загадочного учёного. Вместе они распутывают цепочку событий и узнают, каким образом Фридман добился своего прорыва и какое тесное отношение это имеет к прошлому героя. В этот момент любимая Хаябусы, Айрин Лью, оказывается похищенной неизвестными, и Рю снова вынужден надеть мантию Ниндзя-Дракона, чтобы спасти её и противостоять новой угрозе, нависшей над всем миром.
