После катастрофы, получившей название «Скайфолл», Земля погрузилась в хаос: рухнувшая орбитальная колония обрушилась на поверхность и навлекла на планету новые угрозы. В кратере, образовавшемся после крушения, поселились кайдзю — гигантские существа, возникшие в результате генетических мутаций. В эту зону прибывает Рэй — аватар, которому поручено собрать разбросанные «семена», не подозревая истинной причины своей миссии. Скоро он встречает таинственную Мил, чью природу трудно определить: человек она или же новое порождение кайдзю, скрывающееся между мирами. По мере развития сюжета Рэй начинает понимать, что Мил держит ключ к разгадке катастрофы и к судьбе всего мира. Их столкновения и сотрудничество ставят под сомнение привычные понятия о враге и союзнике, о долге и доверии. Так рождается история, где каждый шаг приближает к ответам, но одновременно подбрасывает новые вопросы о том, кто на самом деле управляет этим разрушенным после катастрофы миром.
