История разворачивается в 2025 году, когда внезапно возникают загадочные биомеханические существа — Кико — и начинают разрушать города, оставляя после себя лишь руины. Человеческая цивилизация трещит по швам, но в Японии удаётся найти обломки одного из Кико. Чтобы разобраться в их вооружении, создаётся научно-исследовательский центр «Токийский институт Кико» (Токиген). Следуя пословице «клин клином вышибает», человечество возлагает последние надежды на то, чтобы превратить смертоносое оружие против его же создателей. Спустя девять лет прогресс в исследованиях приводит к появлению нового вооружения под названием «Муцу», которое уже близко к готовности к боевому применению. Управлять «Муцу» доверяют юноше по имени Рин Саґами и девушке по имени Юдзуру Мидо. На их плечи ложится бремя надежд всего человечества, и они принимают эту миссию с упорной отвагой в сердце. Однако впереди их ждёт путь, наполненный испытаниями: судьба мира окажется куда суровее, чем могло показаться на старте, и каждое решение может обернуться непредсказуемыми последствиями для человечества.
