Год 2201. Битва с императором Зордаром и Империей Комет завершилась, и Ямато возвращается на Землю для ремонта и приведения систем в рабочее состояние. Сусуму Кодай и его отважная команда должны почтить память погибших товарищей и набрать новый состав экипажа. Их ждут суровые проверки и учёба на практике — новички должны пройти через испытания, чтобы стать полноценной частью боевых действий. Но приятная передышка окажется недолгой: Ямато снова отправляется в путь, чтобы продолжить поход к далеким звёздам. Вернувшись с остатками флота в родной Гамилус, Деслер обнаруживает на планете незваных захватчиков. Империя Темной Туманности стремится присоединить Гамилус и Искандар к своим владениям, ведь их недра богаты ценными минералами. Сусуму Кодай и Деслер, прежние заклятые враги Ямато, вынуждены объединиться, чтобы противостоять новой угрозе и защитить родной мир от надвигающегося вторжения.
