После того как Земля одержала победу над всеми противниками, капитан Харлок покинул свой экипаж и отправился в одиночное плавание по безграничным просторам космоса. Однако мир и спокойствие оказались недолговечными. На горизонте возник действительно страшный враг, с которым Харлоку не справиться в одиночку. Во время археологической экспедиции профессор Дайба невольно обрёл доступ к зловещей расе, именуемой Nu, чьё тираническое правление страхом существовало задолго до появления человека. Спустя пять лет древнее зло снова набрало силу и, стремясь вернуть мир в первоначальный хаос, начинает приводить свой коварный замысел в жизнь. Капитан Харлок вновь собирает старую команду: Кей Юки, Доктора Зеро и его первого помощника Яттарана, а к ним присоединяется и сын учёного, Тадаси Дайба, вошедший в состав экипажа «Arcadia». Вместе они отправляются в опасную схватку с загадочным врагом, чтобы снова защитить Землю.
