На этот раз Кайто Куроба вновь посылает письмо с объявлением о дерзком замысле — совершить кражу прямо в поезде. Его целью становится самый крупный топаз Европы, драгоценность империи Инграм под названием «Мать кристаллов». После того как Сэлизабет впервые помешала Кайто забрать камень, он прячет его в неизвестном месте. В то же время маленький принц Филипп [フィリップ], стремясь снова услышать похвалу от матери, пытается выследить и задержать преступника. Смогет ли Кайто обвести вокруг пальца королеву и заполучить желанную драгоценность? На этом же поезде, помимо великого детектива Эдогавы Конан [江戸川 コナン] и инспектора Гинзо Накаморе [中森 銀三], оказываются и опасные преступники Змея [スネーク] и Роза [ローズ], превращая ночной рейс в клубок интриг и риска.
