В отдалённом уголке региона Джото загадочная организация «R» снова сталкивается с побегшим Мьюту. Лидер группы, Сакаки, планирует заново схватить его, прибегая к похищению и использованию в качестве приманки подопечных — покемонов-клонов. В это же время Сатоши и его товарищи попадают в лапы нового члена «R» — Домино, и начинается смертельно опасная битва за выживание. В ходе противостояния Мьюту начинает переосмысливать свою роль: можно ли, созданные наукой существа, найти собственное предназначение и свободу? Этот конфликт ставит под сомнение границы науки и морали, заставляя героев переосмысливать ценность жизни каждого покемона и раскрывать истинное значение дружбы и смелости. Мир Джото оказывается на грани конфликта, и от решений героев зависит их будущее и баланс между наукой и природой.
