События этого продолжения разворачиваются спустя время после финала оригинального сериала. В фокусе — те же хранители дневников, которые вновь сталкиваются с непростыми вопросами и давлением времени. Деус Экс Макина, невидимый повелитель исходов, всё ещё не может найти ясного пути к назначению нового бога, и минуты уходят. Но внезапно Юно Гасай из мира третьего начинает сталкиваться с чужими воспоминаниями — памятью Юно из первого мира. Её охватывает ощущение потерянной вещи, крайне важной для неё самой, но чётко понять, что именно, не выходит. Этот внутренний тревожный голос теснит её всё сильнее, заставляя переосмыслить прошлое и своё место в нем. Что произойдет, если всплывут все воспоминания? Откроется ли дорога к новой фазе игры, к концу или же к неожиданному хэппи-энду? В мире, где время и память переплетаются опасным узлом, герои стоят перед выбором, который может изменить их судьбу навсегда.
