События разворачиваются спустя некоторое время после финала первого сезона. Пока Ёко занята подводными исследованиями у берегов Мадагаскара, Мадока, утратившая способность активировать глаз ауры, отправляется в Камогаву. Вернувшись домой, она находит письма от Лана и Мугами, в которых те рассказывают о своей нынешней жизни и тепло поздравляют её с наступившим Новым годом. Годы уходят, проходит несколько месяцев, и учебный год подходит к концу: Мадока переводится в следующий класс, а её день рождения уже близок. В этот же период к ней прилетают её лучшие подруги, чтобы увидеть копию Камогавы — межгалактический туристический центр, расположенный на далёкой планете Полигидрон. Так начинается новая глава для героинь, где дружба и мечты о дальних путешествиях переплетаются с повседневной школьной суетой и ожиданием грядущих перемен.
