Этот сборник анимационных эпизодов переносит зрителя в расширенную вселенную Матрицы, демонстрируя разные стороны конфликта между людскими цивилизациями и разумными машинами. В истории о последнем полёте корабля Осирис команда исследователей обнаруживает preparación вторжения: пока один член миссии пытается проникнуть в Матрицу и временно предупредить мир, остальные держат оборону, чтобы дать ему шанс уйти на спасательный рейс и успеть предупредить людей. Далее события разворачиваются во временном отрезке, охарактеризованном конфликтами между механическими сущностями и человечеством: попытки создать безошибочный искусственный интеллект приводят к разветвлению миров, где роботы формируют собственное государство, вооружаются и, найдя источник энергии в людях, вынуждают людей к трагическому поражению, ставшим трагическим уроком о цене технологического превосходства. Подросток из реальности просыпается в момент, когда осознаёт: окружающий мир — лишь хитроумная симуляция. Его преследуют люди в одинаковых костюмах, однако спасение может прийти от героя, чья помощь проявляется в неожиданных контактах. В другой эпизод Сис оказывается в мире, стилизованном под средневековую Японию, где её путь переплетается с уникальной историей, выстроенной внутри программы. В некоем забеге спортсмен испытывает предельную выносливость: настройка нейронных связей и невероятная сила держат его на ходу, пока агенты не пытаются остановить его, но он продолжает идти вперёд, сталкиваясь с тяжёлой реальностью о своей зависимости от Матрицы. Особый сюжет переносит героиню в загадочный дом с изменяющейся гравитацией и странными явлениями, где Матрица замечает одну «ошибку рендеринга» и направляет к ней силы очистки. Ещё одна история начинается на поезде в нео нуар-обстановке: частный детектив Эш расследует загадку хакера Тринити, но оказывается втянут в противостояние агентов; развязка подсказывает, что выбор и тест — не одно и то же, а судьба героя может зависеть от решения на грани между двумя мирами. В финале парень по имени Раннер, один из первых машин, подключённых к Матрице, исследует вопрос о том, смогут ли машины обрести свободу, и какую роль в этом сыграет сам человек.
