Прошло тридцать два года с момента сокрушительного поражения захватчиков. A.E.G.I.S практически уничтожена и перешла в подпольную структуру, состоящую всего лишь из нескольких Хранителей Врат, которые всё ещё держат планету на плаву и пытаются спасти человечество. Одной из участниц, Аянэ Исудзу, приходится жить под тяжёлым грузом усталости от общества в целом, хотя она продолжает побеждать Захватчиков ради памяти о своём отце. Внезапно появляется тревожная новость: Машинный генерала — Сегун Кикаи — возродился, как и граф Дьявола — Акума Хакушаку. Но с ними теперь идёт таинственная девушка-призрак, ставшая их новым спутником. Аянэ и малочисленная группа A.E.G.I.S обязаны остановить их и ещё раз защитить человечество.
