Прошло три года с момента возвращения «Ямато» с планеты Искандер. Люди восстановили контроль над своей планетой, изгнав угрозу Космореверса, и подписали мир с Гамилусом. В ответ на усиление обороны был сформирован новый флот, возглавляемый модернизированным броненосцем «Андромеда». Но вопреки просьбам Старши Земля выбирает путь военной экспансии. «Ямато» остаётся оплотом мира и помогает стране двигаться к согласию, однако цена этого курса оказывается слишком высокой — за каждую ступень к миру приходится платить жизнью. Тем временем богиня Тереза, молящаяся о покое во вселенной, зовёт «Ямато» к новому плаванию. Над планетой нависает угроза со стороны Гатлантиса, которая охватывает всю вселенную и приближается к Земле, принеся с собой тревогу и новые испытания.
